著書

生態学の教科書：理論×統計×シミュレーション（門脇浩明・立木佑弥 著）

本書は、著者らが生態学を学んでいた学生時代に求めた理想的な生態学の教科書のイメージに加え、時代のニーズにあった要素を盛り込んで執筆されたものである。具体的には、理論・統計・プログラミングの3要素をうまくブレンドさせ、統計ソフトRを用いて独学可能な教科書として執筆されており、生態学の基本となる知識と技能を取得できる。統計ソフトRを用いたこれら3つの要素についてのトレーニングを通じて、生物多様性や環境問題に対する直感的理解を目指し、専門書への橋渡しをおこなう。(出版社ホームページより引用)

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植生はいかに形成され，変化していくのか――植生研究の100年と土壌微生物学のフロンティア（門脇浩明 著）

どんな生物も単独では生きていない。捕食、寄生、競争、相利共生──。他の個体や多様な種との相互作用のなかで生きている。そのような複雑な相互作用があるなかで、どのように生物多様性が支えられているのか。その原理にはいまだ多くの謎が残されている。観察・実験・数理モデル解析などの様々なアプローチを通じて、その解明を目指す研究を紹介する。(出版社ホームページより引用)

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森林生態系における土壌微生物のネットワーク(第2章第4節)（門脇浩明 著）『植物の多次元コミュニケーションダイナミクス: 分子メカニズムから農業応用の可能性まで 』(高林 純示 監修)

植物が見せるさまざまな生存戦略、多次元コミュニケーション(植物-植物間、植物-動物間、植物-菌類間、植物-微生物間)の驚きの仕組みを包括的に詳解した、本邦初の専門書! 未来のエコシステムに向けた農業応用の可能性も検証する!(出版社ホームページより引用)

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ミッテルバッハ・マギル群集生態学（Gary Mittelbach & Brian McGill著・門脇 浩明・山道真人・内海俊介 訳）

群集とは、ある空間における個体群の集合を指す。群集生態学は、捕食や競争のような、群集の構造や成り立ちに影響する種間相互作用を研究する学問。基礎生態学の一領域でありながら、保全生物学や復元生物学といった応用分野のベースとなる領域でもある。 本書は、群集生態学研究で評価の高い著者が、基礎的な考え方から、豊富なケーススタディの説明、未解決問題の今後の方向性までを学べるようまとめた教科書。(出版社ホームページより引用)

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Oxford Bibliographies "Stochastic Processes in Ecology" (Kadowaki K.) 

Developed cooperatively with scholars and librarians worldwide, Oxford Bibliographies offers exclusive, authoritative research guides. Combining the best features of an annotated bibliography and a high-level encyclopedia, this cutting-edge resource directs researchers to the best available scholarship across a wide variety of subjects.(出版社ホームページより引用)

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遺伝子・多様性・循環の科学：生態学の領域融合へ（門脇 浩明・立木 佑弥 編）

生物と環境との相互作用の中で、どのような遺伝子が残って進化が起きるのか。進化と生物多様性はいかに関わっているのか。生物だけでなく物理化学的要素も含む環境のなかで起こるエネルギーや物質の循環は進化や群集に何をもたらすのか。進化と群集と生態系の交差から生まれるこれからの生態学を展望し、地球と生命の未来を考える。(出版社ホームページより引用)

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生物群集の理論―4つのルールで読み解く生物多様性―（Mark Vellend 著・松岡 俊将・辰巳 晋一・北川 涼・門脇 浩明訳）

本書は，群集生態学と生物多様性科学に関する理論やモデル，実証研究のうち，特に「水平群集」と呼ばれる共通の栄養段階にある生物グループに関するものを体系的に整理し，理解するための枠組みを示した本である。(出版社ホームページより引用)

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査読付き論文・総説（英文）

 

  • Suzuki KC, Kajino H, Hirokawa S, Tomimatsu H, Kadowaki K, Hikosaka K (2025) The coordination between root and leaf functional traits across 33 woody plant species shifts between mycorrhizal types.Tree Physiology. https://doi.org/10.1093/treephys/tpaf151


  • Fukasawa Y, Kimura S, Kominami Y, Takagi M, Matsukura K, Makoto K, Suzuki SN, Takemoto S, Tanaka N, Jomura M, Kadowaki K, Ushio M, Kinuura H, Yamashita S (2025) Oak Wilt Disease May Reduce the Initial Decay Rate of Dead Quercus serrata Stems by Altering Fungal Communities in the Wood. Environmental Microbiology, 27, e70026. https://doi.org/10.1111/1462-2920.70026


  • Sato, T, Abe K, Koseki J, Seto M, Yokoyama J, Akashi T, Terada M, Kadowaki K, Yoshida S, Yamashiki YA, Shimamura T (2024) Survivability and life support in sealed mini-ecosystems with simulated planetary soils. Sci Rep 14, 26322 (2024). https://doi.org/10.1038/s41598-024-75328-x



  • Shinohara N, Kobayashi Y, Nishizawa K, Kadowaki K, Yamawo A (2024) Plant–mycorrhizal associations may explain the latitudinal gradient of plant community assembly. Oikos. https://doi.org/10.1111/oik.10367


  • Kadowaki K (2024) Forest tree community ecology and plant-soil feedback: theory and evidence (Miyadi Award Invited Review). Ecological Research, https://doi.org/10.1111/1440-1703.12445


  • Kadowaki K, Honjo MH, Nakamura N, and many authors (2023)eDNA metabarcoding analysis reveals the consequence of creating ecosystem‐scale refugia from deer grazing for the soil microbial communities. Environmental DNA, https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/edn3.498
    プレスリリース



  • Kadowaki K (2022) Stochastic Processes in Ecology. In Oxford Bibliographies in Ecology. Ed. David Gibson. New York: Oxford University Press. DOI: 10.1093/OBO/9780199830060-0224 Link


  • Lie Z, Zhou G,Huang W, Kadowaki K, Tissue D, Yan J, Penuelas J, Sardans J, Li Y, Shizhong L, Chu G, Meng Z, He X, Liu J (2022) Warming drives sustained plant phosphorus demand in a humid tropical forest. Global Change Biology. 28:4085-4096. Link


  • Lavergne E, Kume M, Ahn H, Henmi Y, Terashima Y, Ye F, Kameyama S, Kai Y, Kadowaki K, Kobayashi S, Yamashita Y , Kasai A (2021) Effects of forest cover on richness of threatened fish species in Japan. Conservation Biology. Link プレスリリース

  • Fukasawa Y, Matsukura K, Stephan JG, Makoto K, Suzuki SN, Kominami Y, Takagi M, Tanaka N, Takemoto S, Kinuura, Okano K, Song Z, Jomura M, Kadowaki K, Yamashita S, Ushio M (2021) Patterns of community composition and diversity in latent fungi of living Quercus serrata trunks across a range of oak wilt prevalence and climate variables in Japan. Fungal Ecology, 59:101095 Link プレスリリース

  • Kadowaki K, Yamamoto S, Sato H, Tanabe AS, Toju H (2021) Aboveground herbivores drive stronger plant species-specific feedback than belowground fungi to regulate tree community assembly. Oecologia,195: 773–784 Link プレスリリース（京大）


  • Kume M, Lavergne E, Ahn H, Terashima Y, Kadowaki K, Ye F, Kameyama S, Kai Y, Henmi Y, Yamashita Y, Kasai A (2021) Factors structuring estuarine and coastal fish communities across Japan using environmental DNA metabarcoding. Ecological Indicators,121:107216 Link (Open Access)


  • Lie Z, Huang W, Liu X, Zhou G, Yan J, Li Y, Huang C, Wu T, Fang X, Zhao M, Liu S, Chu G, Kadowaki K, Pan X, Liu J (2021) Warming leads to more closed N cycling in N-rich tropical forests. Global Change Biology, 27:664-674 Link


  • Kadowaki K, Yamamoto S, Sato H, Tanabe AS, Hidaka A, Toju H (2018) Mycorrhizal fungi mediate the direction and strength of plant−soil feedbacks differently between arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal communities. Communications Biology, 1:196. Link (Open Access) プレスリリース（京大）


  • Hayakawa T, Sawada A, Tanabe AS, Fukuda S, Kishida T, Kurihara Y, Matsushima K, Liu J, Akomo-Okoue EF, Gravena W, Kashima M, Suzuki M, Kadowaki K, Suzumura T, Inoue E, Sugiura H, Hanya G, Agata K (2018) Improving the standards for gut microbiome analysis of fecal samples: Insights from the field biology of Japanese macaques on Yakushima Island. Primates, 59:423–436. Link  プレスリリース（京大）


  • Kadowaki K, Nishijima S, Kéfi S, Kameda KO, Sasaki T (2018) Merging community assembly into the regime-shift approach for informing ecological restoration. Ecological Indicators, 85:991-998. Link (Open Access) プレスリリース（京大）


  • Kadowaki K, Barbera CG, Godsoe W, Delsuc F, Mouquet N (2016) Predicting biotic interactions and their variability in a changing environment. Biology Letters, 12: 20151073. Link   プレスリリース（京大）


  • Hosoda K, Tsuda S, Kadowaki K, Nakamura N, Nakano T, Ishii K (2016) Population-reaction model and microbial experimental ecosystems for understanding hierarchical dynamics of ecosystems. BioSystems, 140:28-34. Link


  • Kadowaki K, Inouye BD (2015) Habitat configuration affects spatial pattern of β diversity of insect communities breeding in oyster mushrooms. Ecosphere 6:art72. Link (Open Access)


  • Yamamoto S, Sato H, Tanabe AS, Hidaka A, Kadowaki K, H Toju (2014) Spatial segregation and aggregation of ectomycorrhizal and root-endophytic fungi in the seedlings of two Quercus species. PLoS ONE, DOI: 10.1371/journal.pone.0096363. Link (Open Access)


  • Kadowaki K, Sato H, Yamamoto S, Tanabe AS, Hidaka A, Toju H (2014) Detection of the horizontal spatial structure of soil fungal communities in a natural forest. Population Ecology, 56:301-310. Link


  • Toju H, Sato H, Yamamoto S, Kadowaki K, Tanabe AS, Yazawa S, Nishimura O, Agata K (2013) How are plant and fungal communities linked to each other in belowground ecosystems? A massively parallel pyrosequencing analysis of the association specificity of root-associated fungi and their host plants. Ecology and Evolution. DOI: 10.1002/ece3.706. Link (Open Access)


  • Toju H, Yamamoto S, Sato H, Tanabe AS, Gilbert GS, Kadowaki K (2013) Community composition of root-associated fungi in a Quercus-dominated temperate forest: “co-dominance” of mycorrhizal and root-endophytic fungi. Ecology and Evolution. DOI: 10.1002/ece3.546. Link (Open Access)


  • Kadowaki K, Inouye BD, Miller TE (2012) Assembly-history dynamics of a pitcher-plant protozoan community in experimental microcosms. PLoS ONE 7: e42651. Link (Open Access)


  • Kadowaki K, Leschen RAB, Beggs JR (2011) No evidence for a Ganoderma spore dispersal mutualism in an obligate spore-feeding beetle Zearagytodes maculifer. Fungal Biology 115:768-774. Link


  • Osawa N, Toft R, Tuno N, Kadowaki K, Fukiharu T, Buchanan PK, Tanaka C (2011) The community structures of fungivorous insects on Amanita muscaria in New Zealand. New Zealand Entomologist 34: 40-44. Link


  • Kadowaki K, Leschen RAB, Beggs JR (2011) Competition-colonization dynamics of spore-feeding beetles on the long-lived bracket fungi Ganoderma in New Zealand native forest. Oikos 120: 776-786. Link


  • Kadowaki K, Leschen RAB, Beggs JR (2011) Spore consumption and life history of Zearagytodes maculifer (Broun)(Coleoptera: Leiodidae) on Ganoderma its fungal host. New Zealand Journal of Ecology 35: 61-68. Link


  • Kadowaki K, Leschen RAB, Beggs JR (2010) Periodicity of spore release from individual Ganoderma fruiting bodies in a natural forest. Australasian Mycologist 29: 17-23. Link


  • Kadowaki K (2010) Behavioral observation of two fungivorous beetles (Coleoptera: Tenebrionidae) on wood-decaying bracket fungus Cryptoporus volvatus. Entomological Science 13: 159–161. Link


  • Kadowaki K (2010) Species coexistence patterns in a mycophagous insect community inhabiting the wood-decaying bracket fungus Cryptoporus volvatus (Polyporaceae: Basidiomycota). European Journal of Entomology 107: 89–99. Link (Open Access)Open

査読付き論文・総説（和文）

  • 門脇 浩明 (2025) シカの食害の影響は土壌微生物に波及する 地球環境 30: 63-70. Link.


  • 門脇 浩明, 山道 真人, 深野 祐也, 石塚 航, 三村 真紀子, 西廣 淳, 横溝 裕行, 内海 俊介 (2020) 進化を考慮した保全生態学の確立と自然再生に向けて. 保全生態学研究. 25(2):1-14．Link (オープンアクセス)


  • 門脇 浩明 (2016) パッチ状環境における生物多様性の維持機構（鈴木賞受賞論文）. 日本生態学会誌. 66(1):1-23. Link (オープンアクセス)


  • 門脇 浩明, 山添 寛治 (2011) ヒトクチタケを利用する昆虫群集の地理的パターン. 昆蟲(ニューシリーズ). 14:93-104. Link (オープンアクセス)

解説記事・エッセイなど

  • 門脇 浩明（2022）シカの脅威と次世代型森林再生のロードマップ研究集会. 生態研センターニュース 149:8. Link


  • 門脇 浩明 (2021) 研究の現場から：生態学における「面白さ」についての考察. 白眉センターだより 19:22-23. Link


  • 門脇 浩明 (2021) RESEARCH HIGHLIGHTS: 植食性昆虫と土壌菌が樹木の多様性と遷移のカギを握るー樹木の実生を用いた大規模な野外生態系実験で実証ー. 生態学研究センターニュース 148:21. Link


  • 門脇 浩明 (2021) 第11期白眉研究者紹介 門脇浩明. Link


  • 門脇 浩明 (2020) 連載 人と環境＜27＞樹木の多様性を守り、森林の変化を促す土壌菌類のネットワーク. グリーン・エージ 7月号 22-24. Link


  • 門脇 浩明 (2019) 生態学におけるビッグデータ解析の手法ー生物群集解析の基礎理論. 環境技術 48(3):126-130. Link (オープンアクセス)


  • 門脇 浩明 (2019) 今月の研究者 門脇浩明（京都大学森里海連環学教育研究ユニット 特定助教）. 京都大学森里海連環学教育研究ユニットホームページ. Link


  • 門脇 浩明 (2019) 森と海をつなぐ水のはたらきを知りたい！～生態学者の挑戦～ （森里海連環学教育研究ユニット特定助教 門脇浩明） 京都大学森里海連環学教育研究ユニットホームページ. Link


  • 門脇 浩明 (2019) RESEARCH HIGHLIGHTS: 菌根菌が生み出す植物土壌フィードバックと森林動態に与える影響. 生態学研究センターニュース 143(3):6. Link


  • 門脇 浩明 (2019) 森の未来は菌だけが知っている. academist Journal 9755. Link


  • 門脇 浩明 (2018) 新人紹介 門脇 浩明. FSERC News Letter 45:2-3. Link


  • 門脇 浩明 (2018) 生態系崩壊を告げる「預言者」を探せ？！ – レジームシフト研究の最前線. academist Journal 6675. Link


  • 門脇 浩明 (2017) 遺伝子・多様性・循環の科学 生態学の領域融合へ. 日本進化学会ニュースレター 18(1):24-26. Link


  • 門脇 浩明 (2016) Balance of Nature. 生態学研究センターニュース 133(7):11. Link



担当講義

  • 2018ー現在  立命館大学国際関係学部 Introduction to Natural Science 
  • 2018ー現在  龍谷大学 民族の自然誌 
  • 2022ー現在  ILASセミナー群集生態学入門
  • 2024ー2024  奈良女子大学 環境科学特別講義B
  • 2018ー2024  京都大学 生物学実習I
  • 2023ー現在  熱帯林環境学専攻演習1  (京都大学)
  • 2023ー現在  熱帯林環境学専攻演習2  (京都大学) 
  • 2023ー現在  熱帯林環境学専攻実験1  (京都大学)  
  • 2023ー現在  熱帯林環境学専攻実験2  (京都大学)

主な講演会

  • 2025年10月8日. 子どもの知的好奇心をくすぐる体験授業：植物の多様性のひみつに迫る！ 京都府教育委員会 京都府立向陽高校.
  • 2025年9月9日. 植物と土壌微生物の相互作用からみる森林の成立機構. 公益社団法人 日本技術士会 森林部会 東京都. 
  • 2025年9月3-5日. 『生態学における理論・統計・シミュレーションの実践と活用』 統計思考院人材育成事業ワークショップ. 主催. 京都大学農学部.
  • 2025年7月20日. 森林生態系を支える菌根ネットワーク. NPO法人樹木医こうべ.
  • 2023年12月3日. 理論・統計・シミュレーションの三位一体〜あたらしい生態学教育をめざして〜 統計思考院人材育成事業ワークショップ「生物多様性と群集動態：定量化の数理と統計的推定法」 2023年11月9日 統計数理研究所（島谷健一郎）
  • 2023年11月20日. 子どもの知的好奇心をくすぐる体験授業：植物の多様性のひみつに迫る！ 京都府教育委員会 京都府立洛北高等学校附属中学校. 
  • 2023-5年 8月. 南京農業大学. 講義：群集生態学.
  • 2022年12月3日．種生物学会 和文誌編集委員会企画シンポジウム「多種共存の生態学：植物の多様な共存機構を探る 」温帯林の樹木群集における多種共存研究：植物土壌フィードバック実験から長期生態系観測まで. Link
  • 2022年11月26日. NHK文化センター京都教室. 植物の多様性のひみつに迫る〜知られざる土壌微生物の役割.
  • 2021年7月6日.第200回 白眉セミナー 森林の樹木群集における生物多様性のパラドックスを紐解く. Link
  • 2020年7月17日. 第317回 生態研セミナー 「植物土壌フィードバックと温帯林樹木群集のダイナミクス」 京都大学生態学研究センター．Link
  • 2019年4月13日. 京都大学総合博物館 レクチャーシリーズ no.152 森の未来は菌だけが知っている－森はどのように成立ち、変化していくのか－ Link
  • 2015年12月19日. 進化と生態の階層間相互作用ダイナミクス：生態学のリストラ2 「基調講演：生物間相互作用の３つの役割を考える」京都大学生態学研究センター.
  • 2015年11月13日.「細胞を創る」研究会 8.0 セッション IV Synthetic ecosystems．「環境変化に伴う微生物群集の環境応答予測：生態学からの展望」Link

メディア連携

  • 2022年7月6日 Yahoo!JAPANニュース 両丹日日新聞 森林の生態壊すシカ－芦生で大規模防除柵 京大が29日にネットで研究集会 Link
  • 2019年6月2日 読売新聞 本よみうり堂 遺伝子・多様性・循環の科学（書評：三中信宏（進化生物学者）） Link
  • 2018年12月23日 読売新聞 樹木多様性 菌が守る 京大チーム「ミニ森林」実験で解明  Link
  • 2018年12月3日 京都新聞 「菌根菌」働きで森林変化 シイ、コナラ増える一端解明 京大など 共生種、土壌つくりかえ Link
  • 2017年12月9日 Yahoo!JAPANニュース オオカミと「捲き菱」から生態系崩壊を予想できるかも. Link